ประวัติของสถานศึกษา   
    โรงเรียนบ้านจองคำเริ่มก่อตั้งครั้งแรก  เมื่อ   พ.ศ. 2465   ณ   บริเวณวัดม่วยต่อ ตำบลจองคำ อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน  โดยใช้ชื่อว่า"โรงเรียนม่วยต่อ" มีพระครูวิริยะมงคล "คำ" เป็นผู้อุปการะ พระภิกษุปัญจระ วงศ์จันทร์ เป็นครูใหญ่  อาศัยศาลาการเปรียญ 2 หลังเป็นอาคารเรียนชั่วคราว 23 พฤษภาคม 2471 มีจำนวนนักเรียนเพิ่มขึ้นประมาณ 200 คน บริเวณศาลาวัดม่วยต่อคับแคบไม่เพียงพอแก่จำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้น จึงได้ขอใช้สโมสรลูกเสือ วัดกลางทุ่ง เป็นสถานที่เรียนชั่วคราว ให้แก่นักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 
    พ.ศ. 2483 ย้ายจากสโมสรลูกเสือ ไปเรียนที่อาคารเรียนซึ่งสร้างใหม่ แบบ ป.1 ขนาด 9 X 27 เมตร 3 ห้องเรียน พ.ศ.2485 ไฟไหม้อาคารเรียนแบบ ป.1 และได้สร้างอาคารเรียนชั่วคราวแทน       
    ปลายปี 2485 ทางราชการ ได้ยุบโรงเรียนประชาบาลจองคำ ซึ่งตั้งอยู่วัดกลางทุ่ง รวมกับโรงเรียนม่วยต่อ เป็นโรงเรียนประชาบาลจองคำ 
    26 สิงหาคม 2487 ได้ย้ายนักเรียน ไปเรียนที่วัดหัวเวียง เป็นการชั่วคราว 
    พ.ศ.2490 ราษฎรได้บริจาคที่ดินเขตตำบลจองคำ เพื่อสร้างอาคารเรียนโรงเรียนบ้านจองคำ  
    พ.ศ.2492 ราษฎรได้บริจาคเงินสร้างอาคารเรียนถาวร เป็นอาคาร 2 ชั้น แบบ ป.2 ใต้ถุนสูง ขนาด 9 X 27 เมตร มีหน้ามุขยื่นออกมายาว 6 เมตร ซึ่งในเวลาต่อมาได้มีการต่อเติมชั้นล่างและได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน อาคารประกอบที่ถาวร จำนวนหลายหลัง 
    พ.ศ.2511 ได้ขยายโอกาสทางการศึกษาถึงระดับประถมศึกษาตอนปลาย  และให้นักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5 ย้ายไปเรียนที่โรงเรียนเมืองแม่ฮ่องสอน 
    พ.ศ.2519 กรมสามัญ ได้สั่งให้ยุบโรงเรียนเมืองแม่ฮ่องสอนรวมกับโรงเรียนบ้านจองคำ โดยให้ชั้นเด็กเล็ก-ชั้นประถมศึกษาปีที่ 2 เรียนที่โรงเรียนบ้านจองคำใต้ ชั้นประถมศึกษาปีที่  3 - 6 เรียนที่โรงเรียนบ้านจองคำเหนือ (โรงเรียนเมืองแม่ฮ่องสอนเดิม) 
    พ.ศ.2526 ได้ย้ายนักเรียนจากโรงเรียนบ้านจองคำใต้มาเรียนรวมที่โรงเรียนบ้านจองคำเหนือ และโรงเรียนบ้านจองคำใต้ ทางราชการได้ขอให้เป็นที่ตั้งสำนักงานการประถมศึกษาอำเภอเมืองแม่ฮ่องสอนและสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดแม่ฮ่องสอน 
    23 พฤษภาคม 2537 นางสุพัตรา ไชยพรหม ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านจองคำ
    16 พฤษภาคม 2550 โรงเรียนบ้านจองคำ ได้ถ่ายโอนเข้ามาสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดแม่ฮ่องสอน โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียน อบจ.บ้านจองคำ”

คำขวัญ                    
วิชาการดี  มีคุณธรรม  บำรุงสุขภาพ

สีประจำโรงเรียน

วัตถุประสงค์ของสถานศึกษา 
          1.  ประชากรในวัยเรียนทุกคนในเขตบริการของโรงเรียนบ้านจองคำได้เข้าเรียนครบร้อยละ  100
          2.  นักเรียนทุกคนเป็นคนดีมีคุณธรรม  มีพฤติกรรมและคุณภาพตามมาตรฐานการศึกษาขั้นพื้นฐาน
          3.  นักเรียนได้เรียนรู้อย่างมีความสุข  ตามความสามารถ ตามศักยภาพและความต้องการชุมชนมีส่วนร่วมในการจัดการศึกษาอย่างมีคุณภาพ 
          4.  เพื่อพัฒนาบุคลากรครู นักเรียน ให้มีความรู้ละทักษะการใช้เทคโนโลยี สามารถติดต่อสื่อสารเครือข่ายทางอินเตอร์เน็ตอย่างเป็นสากล 

ปรัชญา  วิสัยทัศน์  และเป้าหมายของสถานศึกษา    

วิสัยทัศน์ของโรงเรียน
     โรงเรียนองค์การบริหารส่วนจังหวัดบ้านจองคำ มุ่งบริหารจัดการ โดยยึดหลักธรรมาภิบาล พัฒนาการศึกษาให้มีคุณภาพ ส่งเสริมให้ชุมชนและเครือข่ายมีส่วนร่วม

พันธกิจ 
     - พัฒนาผู้เรียนให้มีทักษะความรู้ ความสามารถ ตามศักยภาพและเป็นผู้นำทางวิชาการ
     - พัฒนาส่งเสริมให้ผู้เรียนมีความพร้อมทางด้านร่างกาย อารมณ์  สังคม สติปัญญา มีคุณธรรม จริยธรรมและคุณลักษณะที่พึงประสงค์
     - ส่งเสริมครูและบุคลากรให้มีคุณภาพและศักยภาพในการปฏิบัติงาน
     - พัฒนาส่งเสริมสถานศึกษาให้มีบรรยากาศที่เอื้อต่อการเรียนรู้
     - ส่งเสริม สืบสานศิลปวัฒนธรรมประเพณีไทย ท้องถิ่น และสากล
     - ส่งเสริมกระบวนการมีส่วน

เป้าหมาย
    - สร้างความเสมอภาคและโอกาสเข้าถึงบริการทางการศึกษา
    - พัฒนาคุณภาพผู้เรียนมุ่งสู่ระดับสากลบนพื้นฐานภูมิปัญญาไทย
    - พัฒนาบุคลากรครูให้จัดกระบวนการเรียนรู้ที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ มีความใฝ่รู้ใฝ่เรียน แสวงหาความรู้และพัฒนาตนเองอย่างต่อเนื่อง ใช้เทคนิคการสอนที่หลากหลาย
    - บริหารจัดการอย่างเป็นระบบและมีความคล่องตัวสูง สามารถปรับเปลี่ยนได้ตามความเหมาะสม โดยยึดหลักการมีส่วนร่วมและการตรวจสอบแบบถ่วงดุล จัดสภาพแวดล้อมที่ใช้เป็นแหล่งเรียนรู้       เพื่อพัฒนาผู้เรียนเต็มตามศักยภาพ มีหลักสูตรท้องถิ่นที่เหมาะสม และสอดคล้องกับความต้องการของผู้เรียนและชุมชน
ตราสัญลักษณ์

ชมพู

ฟ้า
โรงเรียน อบจ.บ้านจองคำ ถ.ขุนลุมประพาส ต.จองคำ 
อ.เมือง จ.แม่ฮ่องสอน 58000 โทรศัพท์ 0-5362-0426
รายชื่อนักเรียน โรงเรียน อบจ.บ้านจองคำ
โรงเรียน อบจ.บ้านจองคำ จ.แม่ฮ่องสอน